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QUANTUM-视频级原子力显微镜显示实时CRISPR基因编辑

2018,11,15


自2012年以来,研究人员常用一种叫做CRISPR的强大“基因组编辑”技术对生物的DNA序列进行修剪、切断、替换或添加。CRISPR来自微生物的免疫系统,这种工程编辑系统利用一种酶,能把一段作为引导工具的小RNA切入DNA,就能在此处切断或做其他改变。

CRISPR已经成为生命科学领域最受关注的基因编辑技术,其效果得到大家一致认可。虽然科学家可通过RT-PCR、WB等方法间接证明CRISPR的功能,但仍未有直接的证据来证实。究其原因:一是生物分子间的相互作用速率快,需要高速的成像手段才能捕捉到;二是生物分子比较小,通常为纳米级,普通显微镜由于受光学衍射极限所限不能分辨。最近,日本Kanazawa University的科学家利用 视频级原子力显微镜HS-AFM成功观察到了实时CRISPR基因编辑,为CRISPR技术的有效性提供了直接的证据。

下图:HS-AFM视频结果直观显示构象差异

HS-AFM视频结果显示apo-Cas9为柔性构象(flexible conformations),而Cas9–RNA则为稳定的双叶型构象(stable bilobed architecture)。 

下图:Cas9-RNA介导的PAM依赖性DNA识别

Cas9-RNA靶向定位到目的DNA,形成Cas9–RNA–DNA复合体。


下图:Cas9-RNA对目的DNA进行剪切

在Mg2+存在的条件下,Cas9-RNA对目的DNA进行特异性剪切。 原文连接:https://www.nature.com/articles/s41467-017-01466-8 

这项工作的完成主要借助了日本RIBM公司研发的超高速视频原子力显微镜HS-AFM,HS-AFM突破了传统原子力显微镜“扫描成像速慢”的限制,能够实现在液体环境下超快速动态成像,分辨率为纳米水平。待测样品无需特殊固定,不影响生物分子的活性,尤其适用于生物大分子互作动态观测。推出至今,全球已有80多位用户,发表SCI论文200余篇,其中包括Science, Nature, Cell 等顶级杂志。  

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